Súčasnú podobu získala pri poslednej prestavbe v roku 1906 podľa víťazného projektu budapeštianskeho projektanta Ladislava Baumhorna.

Pôvodne tu stála najprv drevená stavba postavená onedlho po príchode prvých židovských rodín do Mikuláša v roku 1731.

Rozrastajúca sa židovská náboženská obec rozhodla v roku 1842 o výstavbe novej synagógy. Táto neskoroklasicistická jednopodlažná murovaná stavba bola dokončená v roku 1846. Niekoľkokrát bola poškodená pri požiaroch. Určite i kapacitné dôvody viedli židovskú náboženskú obec začiatkom nášho storočia k jej rekonštrukcii.

Projektant priniesol koncepciu maximálne zachovať staršiu architektúru, čo vyústilo v zaujímavom prepojení klasicistického exteriéru a secesného bohato zdobeného interiéru stavby. Zvlášť pozoruhodne pôsobili vitrážové okná – farebné kúsky skla zasadené v olovených rámčekoch – s typicky secesnými motívmi kvetov. V roku 1977 synagógu odkúpil vtedajší Mestský národný výbor v Liptovskom Mikuláši. Niekoľko rokov slúžila ako skladisko rôzneho materiálu. V týchto rokoch bol pôvodný interiér značne poškodený, v podstate zničený.

Dnes sa z neho zachovali len radové drevené lavice na galériách. Po roku 1989 Mestský úrad investoval do záchranných prác značné prostriedky. V júni 1992 bola na priečelí synagógy odhalená pamätná tabuľa venovaná obetiam holocaustu, veď z Liptovského Mikuláša bolo do koncentračných táborov odvlečených vyše 800 Židov. Autorom tabule je akad. maliar Michal Kern. Sprístupnená bola v roku 1994 a v súčasnosti sa využíva na výstavy a príležitosnté koncerty. Od roku 1998 synagóga patrí Ústrediu židovských náboženských obcí v Bratislave.

V súčasnosti nie je sprístupnená verejnosti.