Plošne najrozšírenejšie sú zmiešané lesy s bukom lesným (Fagus sylvatica), jedľou bielou (Abies alba), smrekom obyčajným (Picea abies), javorom horským (Acer pseudoplatanus), javorom mliečnym (Acer platanoides) a jaseňom štíhlym (Fraxinus excelsior), ktoré prevládajú v západnej a južnej časti národného parku. Častými druhmi v nich sú kopytník európsky (Asarum europaeum), fialka lesná i Rivinova (Viola reichenbachiana, V. riviniana), starček vajcovitolistý (Senecio ovatus), chlpaňa hájna (Luzula luzuloides).

Bukové lesy rastú v súčasnosti hlavne v juhozápadnej časti územia patriacej orograficky ku Starohorským vrchom. V závislosti od typu podložia v ich bylinnom podraste nájdeme napríklad bodliak sivastý (Carduus glaucinus), pichliač lepkavý (Cirsium erisithales), ostricu bielu i chlpatú (Carex alba, C. pilosa), črievičník papučkový (Cypripedium calceolus). V oblasti Donovalov a Kozieho chrbátu hojne pribúdajú ešte aj cesnak medvedí (Allium ursinum) a snežienka jarná (Galanthus nivalis). Na skalnatejších miestach rastie i chránená drevina tis obyčajný (Taxus baccata).

Vo vyšších polohách rastú smrekové lesy. Na nevápenatých horninách v severnej a východnej časti Nízkych Tatier dominujú smrečiny už od úpätia horstva. Z drevín okrem smreka obyčajného (Picea abies) je v nenarušených prirodzených porastoch zastúpená ešte jarabina vtáčia (Sorbus aucuparia), zemolez čierny (Lonicera nigra), baza červená (Sambucus racemosa). Bylinná vrstva týchto lesov je pomerne chudobná na počet druhov, vidieť v nej napríklad chlpaňu lesnú (Luzula sylvatica), soldanelku uhorskú (Soldanella hungarica), starček nemecký (Senecio germanicus), mačuchu cesnačkovitú (Adenostyles alliariae), margarétu okrúhlolistú (Leucanthemum vulgare).

Veľmi obmedzene, ostrovčekovite, sú v juhozápadnej časti územia prítomné aj teplomylné lesy s hrabom obyčajným (Carpinus betulus), dubom zimným (Quercus petraea), či dokonca aj s dubom cerovým (Quercus cerris). Iba na týchto miestach v ich podraste možno vidieť hviezdnatec čemericový (Hacquetia epipactis) a na okrajoch lesa kamienku modropurpurovú (Lithospermum purpurocaeruleum).

Približne od 1500 m n.m. začínajú porasty kosodreviny, ktoré boli na mnohých miestach v minulosti činnosťou človeka odstránené. Vďaka hustým a vzájomne poprepletaným konárom kosodreviny v tejto zóne môžeme vidieť len málo vzrastom vyšších druhov, najčastejšie sú brusnica čučoriedková i obyčajná (Vaccinium myrtillus, V. vitis-idaea) a tráva metluška krivolaká (Avenella flexuosa).

Najvyššie polohy Nízkych Tatier zasahujú do alpínskeho pásma, kde na vhodných miestach nachádzame bylinné spoločenstvá sitiny trojklanej (Juncus trifidus) odolávajúcej silným vetrom, vŕby bylinnej (Salix herbacea) vyhľadávajúcej dlhodobo zasnežené stanovištia i kríčkovité spoločenstvá brusnice drobnolistej (Vaccinium gaultherioides). Spolu s nimi v lete kvitnú hôľnička dvojradová (Oreochloa disticha), kostrava nízka (Festuca supina), psinček pyrenejský (Agrostis pyrenaica), zvonček alpínsky (Campanula alpina), starček abrotanolistý karpatský (Senecio abrotanifolius subsp. carpathicus), jastrabník alpínsky (Hieracium alpinum), chlpaňa gaštanová (Luzula alpinopilosa). Bohatou a vzácnou vysokohorskou flórou vynikajú najmä ľadovcové kotly – glaciálne kary. Na skalných bralách a v žľaboch pomedzi ne rastú napríklad prvosienka najmenšia (Primula minima), silenka bezbyľová (Silene acaulis), všivec praslenatý (Pedicularis verticillata), kamzičník chlpatý (Doronicum styriacum), lomikameň karpatský (Saxifraga carpatica), pochybok nízky (Androsace chamaejasme).