Jaskyňa sa nachádza v okrese Liptovský Mikuláš, v katastrálnom území Liptovský Ján. Vchod do jaskyne je situovaný na severozápadnom svahu Smrekovice v Národnom parku Nízke Tatry v nadmorskej výške 761 m, 39 m nad úrovňou potoka Štiavnice.
Stanišovská jaskyňa patrí medzi najstaršie známe jaskyne Liptova i na Slovensku. Vchod do jaskyne bol známy už od nepamäti. Prvý krát bola preskúmaná a zameraná J. Bucholtzom ml. v roku 1720, opísal ju však Matej Bel v roku 1723.
Jaskyňa vznikla eróznou a koróznou činnosťou podzemného toku Štiavnice za spoluúčasti činnosti vôd z atmosférických zrážok a procesov oddrobovania a rútenia zvetraného materiálu, po tektonických puklinách S-J a JV-SZ smerov a medzivrstevných plochách, v pleistocéne a holocéne. Generálny smer jaskyne je S-J. Jaskyňa mala v minulosti bohatú sintrovú výzdobu, ktorá je v súčasnosti značne zničená, najmä v jej ľahko prístupných častiach.
V jaskyni sú známe dve vývojové úrovne. Spodná sa nachádza približne 25 m nad tokom Štiavnice. Teplota v jaskyni sa pohybuje od 6,4 °C do 7,0 °C. Vlhkosť dosahuje 95%
Spodná úroveň, ktorú z historických dôvodov uvedených v literatúre môžeme uvádzať ako spodné poschodie, predstavuje najdlhšiu chodbu v jaskyni. Ide o horizontálnu chodbu s nepravidelným profilom, ktorej dno je pokryté sutinou zloženou z ostrohranných úlomkov, pochádzajúcich z matečného horninového substrátu. Tento je tvorený strednotriasovými vápencami gutensteinského typu patriacich k bielovážskej sérii chočského príkrovu, v ktorých sa vyvinul celý jaskynný systém Stanišovskej jaskyne. V iných častiach tejto chodby sú na dne vytvorené sintrové kaskády a jazierka.